Det ursprungliga stationshuset från 1856 brann 1866.
Ett nytt stationshus uppfördes 1874 på samma plats ritat av A.V Edelsvärd. Detta blev så småningom för litet för den kraftigt ökande trafiken på Malmö C. Ett nytt stationshus jämte banhall av järn i vinkel mot spåren uppfördes 1891, Stationshuset påbyggdes med en våning 1924 och den gamla banhallen revs och ersattes med den nuvarande i trä med 7 spår, arkitekt Folke Zettervall. 1976 var det dags för en ny ombyggnad, den gamla biljetthallen revs och en ny provisorisk stamplattform uppfördes, 2002 återuppbyggdes väntsalen i sitt skick från 1924.
Under 2010 har stationen utökats med en underjordisk del i anslutning till den nya Citytunneln som gjort direkt genomfart från Arlöv mot Öresundsbron - Köpenhamn möjlig.