Den första järnvägen förbi Boden var den engelskbyggda malmbanan mellan Gällivare och Luleå. Efter några år med enbart godstrafik uppläts den för persontrafik 1891 och ett stationshus byggdes i förlängningen av Kungsgatan,
Stambanan genom övre Norrland nådde Boden 1894 och Boden blev därmed Norrbottens viktigaste järnvägsknut. Ett nytt och större stationshus byggdes samma år. Det äldre stationshuset användes som hotell till 1897 då en ny hotellbyggnad uppfördes intill stationshuset. Det nya stationshuset ritades gemensamt av A.W. Edelsvärd och Folke Zettervall, SJ:s avgående respektive tillträdande chefsarkitekter.
1921 drogs ett godsspår öster om stationen så att de tunga malmtågen kunde rulla förbi Boden utan att gå in på stationen.