Stationen öppnad 1862. Det gamla stationshuset från stationens första tid flyttades till Skebokvarn senast, och sannolikt, 1894. Det nuvarande stationshuset byggdes 1893.
"Eldsvåda å jernvägsstation.
Enligt ingånget telegram har boställshuset vid Flens jernvägsstation i går natt totalt nedbrunnit. Ingen menniska blef skadad. Förlusten lär uppskattas till 9000 rdr. Stationsinspektoren fick ingenting räddadt af sin lösegendom. De inneboende måste
nästan utan kläder rädda sig undan lågorna. Orsaken till olyckan är ännu ej känd."
(Notis ur Dagens Nyheter lördagen den 4 februari 1865).
Stationshuset är förklarat som byggnadsminne.